Madrasah Diniyah Hidayatul Maghfiroh dalam program pembelajarannya telah menggunakan kurikulum yang ditetapkan Kementrian Agama dengan muatan materi : Al-qur’an dan hadist, aqidah akhlak, fiqh, sejarah kebudayaan Islam, bahasa arab,dan ibadah praktis. Pembelajaran berlangsung melalui sistem praktik dan diharapkan santri apat mengaplikasikan materi yang disampaikan oleh guru. Kegiatan pembelajaran dilakukan pada hari senin-sabtu pukul 15.00 – 16.30.

Adapun program pembiasaan di Madin adalah

1. Hafalan surat-surat pendek (Qs. An-Nas – Qs. An-Naba’) dilakukan sebelum pembelajaran dimulai setiap harinya.
2. Pengenalan tajwid dan mengaplikasikan pada bacaan al-qur’an.
3. Tahsinul Kitabah
4. Hafalan bacaan dan praktik sholat
5. Diwajibkan setiap santri melaksanakan shalat ashar berjamaah
6. Hafalan hadist dan Mahfudzot
7. Hafalan do’a-do’a harian

Setiap Hari Sabtu diisi dengan pengembangan bakat minat santri dan menghindari kejenuhan dalam belajar melalui kegiatan ekstrakulrikuler, seperti :

• Olahraga
• Habsyi/Marawis
• Keterampilan : kaligrafi, pidato, puisi
• Dll.